Samzhubzê nằm trên một địa thế bằng phẳng và xung quanh là những ngọn núi cao, khu vực đô thị nằm ở phía nam của sông Yarlung Zangbo, thuộc vùng phía nam của miền trung khu tự trị Tây Tạng. Bản thân khu vực đô thị của quận nằm trên độc cao 3.840 mét (12.600 ft), và trên diện tích của mình còn có 5 đỉnh núi cao trên 5.500 mét (18.000 ft).[5]

Samzhubzê chịu ảnh hưởng của gió mùa, kiểu khí hậu lục địa ẩm núi cao (Köppen Dwb), với một mùa đông băng giá và rất khô còn mùa hè thì ấm và ẩm. Nhiệt độ tương đối ôn hòa so với cao nguyên Tây Tạng, nhiệt độ trung bình năm là 6,3 °C. Khoảng thời gian từ tháng 11 tới tháng ba, khi chênh lệch nhiệt độ ngày đêm có thể lên tới 20C. Gần hai phần ba lượng mưa trong năm tập tung từ tháng 7 đến tháng 8. Mặt trời xuất hiện quanh năm, với tổng số giờ nắng là 3248.[5]